インドネシアとマレーシアでは経済成長の進んだマレーシアへ出稼ぎへ行く
インドネシア人が増えたこともあって、両国では外交上の関係はあまり良くない状態が続いています。
また、他にもマレーシアとインドネシアの国境で領有権を主張するリアウ諸島沖での紛争や
マレーシア国内でのインドネシア人家政婦虐待事件なども起きています。

8月13日には、インドネシア海洋水産省の警備艇がマレーシアの漁船を拿捕して、
マレーシアの漁師７人を拘束する事件が発生しています。
インドネシアのユドヨノ大統領は9月１日の演説で国民に冷静になるように演説。
両国外相会談をマレーシアで開催しています。

インドネシア語もマレー語も言語構成が近く、共にマレー系中心の多民族国家として
アセアンの先進6カ国に位置しています。またイスラム教徒が多く、設立背景も近いものの人口は
マレーシア2700万人、インドネシア1億2300万人と大きく違い、
また一人当たりGDPでもマレーシア7000USドル、インドネシア2029USドルと所得の格差があります。